Al finalizar la primavera austral, a fines de 2009, la fauna marina, regresó de sus áreas de alimentación y distribución invernal en el mar a sus colonias y apostaderos reproductivos en las costas de Patagonia.
Para las temporadas anteriores, la gran mayoría de las aves marinas completaron su actividad reproductiva y de criaza de pichones, y sus colonias mantuvieron las tendencias estables de los años anteriores.
En la temporada reproductiva pasada, los pingüinos de Magallanes, en Punta Tombo y en el resto de sus colonias, completaron la crianza con éxito de sus pichones, que comenzaron a migrar sobre fines del verano.
Los adultos migraron a principios del otoño, luego de completar la muda anual de su plumaje. En conjunto, sus colonias mantienen la tendencia estable de los últimos años.
En el caso de los mamíferos marinos, incluyendo a las ballenas francas, los estudios muestran un crecimiento poblacional que mantiene las tendencias en aumento de años anteriores.
En la temporadas 2008 y 2009, el número de ejemplares de ballenas francas presentes en la zona resultó el mayor de los últimos años; y los censos mostraron que esta tendencia creciente (de entre el 6 al 7% anual) se mantiene, con un gran número de madres que criaron sus ballenatos en las aguas de los Golfos Nuevo y San José.
Sin embargo, un aspecto preocupante de los últimos de la población que cría en Valdés, es el aumento en la mortalidad registrado a partir de 2007.
El Proyecto participó del programa de varamientos, que ha registrado unas 370 ballenas muertas, de las cuales unas 260 murieron entre los años 2007 y 2009. La gran mayoría son crías nacidas en la temporada.
Este aumento en los últimos tres años (en comparación con años anteriores) es lo que ha convocado a especialistas argentinos y extranjeros para intentar diagnosticar las posibles causas de esta mortandad, que coinciden, es la más extrema registrada en una especie de ballena barbada en relación con el tamaño de su población. No se conocen aún cuáles son los efectos de este fenómeno en la población de Ballenas francas del Atlántico Sur.