Las actividades de carga y transporte de petróleo crudo, y la actividad en la zona austral de las plataformas de extracción de petróleo en el mar, continúan presentes como una amenaza a la biodiversidad (confirmada por los eventos de empetrolamiento de pingüinos de Magallanes y otras aves costeras en Cabo Vírgenes en 2005 y 2006 y en el golfo San Jorge a fines de 2007).

Las nuevas zonas de exploración y explotación en el mar podrían extender esta amenaza a toda la zona costera patagónica.

La creación del Parque Marino inter-jurisdiccional en el Norte del golfo San Jorge, es una de las principales acciones donde el Proyecto contribuyó para avanzar en la conservación frente a esta amenaza.

Si bien los gobiernos incluyen en sus agendas la necesidad de evaluar los efectos no deseados de la pesca sobre la biodiversidad y los ecosistemas marinos, resulta crítico ampliar y consolidar los avances hacia una pesca más sustentable.

Las mejoras en las prácticas pesqueras y en gestión participativa en la zona costera patagónica, promovidas por los gobiernos y el Proyecto, se presentan como una oportunidad para mitigar algunos de los efectos no deseados sobre la biodiversidad y los propios recursos pesqueros.

Aunque las administraciones pesqueras han conseguido avances en el ordenamiento pesquero y el sostenimiento de los stocks; aspectos centrales a solucionar en el manejo pesquero, como la reducción de los descartes y de las capturas incidentales de fauna, aún necesitan de acciones concretas en las pesquerías costeras de Patagonia.

El turismo en la zona costera, a pesar de la retracción del 2008 (sin duda afectado por los cambios en el escenario internacional) ha crecido en forma sostenida cada año. Así ha consolidado su importancia en la economía de la zona costera patagónica, junto a la actividad petrolera e industrial, y la pesca.

Dar sustentabilidad a este crecimiento representa su principal desafío; ya que para asegurar su continuidad deberá evitarse el aumento de sus efectos negativos sobre la biodiversidad de la cual depende, y consolidar los avances hacia un turismo responsable en la región.

La contaminación urbana e industrial se mantiene como amenaza, que aún se concentra en las ciudades costeras de Patagonia.

Los cambios para mejorar el tratamiento de los desechos sólidos y líquidos están en sus primeras etapas de ejecución. Algunas Provincias y Municipios, sin embargo, avanzan en implementar iniciativas para solucionar esta problemática.

La superficie costera y marina bajo áreas protegidas es aún insuficiente para abarcar los sitios relevantes para la conservación de la biodiversidad. El Proyecto avanzó en iniciativas que permitieron crear nuevas áreas protegidas costeras y marinas en la región, ampliar y consolidar las actuales, y mejorar su manejo.